林真希经历的最莫名其妙的一个世界，她完全没有有关这个世界的记忆，但晋升C级特派员后新入手的“魔女之书”上却多出了两个魔女职业模板“时之恶魔”与“魔女之夜”。
实际上，则是林真希进入了魔女之夜即将到来的见泷原，撕开魔法结界，闯入了魔法少女与魔女战斗的场地，接触到了已经成为魔法少女的鹿目圆和其他几位魔法少女。林真希魔女的身份起初让魔法少女们感到紧张，但误会很快解除，林真希的“魔女”与魔法少女的敌人“魔女”并不是一个概念。
丘比对林真希的存在很感兴趣，但因为林真希“年纪太大了”，它没有开口让林真希成为魔法少女。
林真希在发现魔法少女们将灵魂放置于宝石当中并将其佩戴在身上后立马感觉到了这样做的不妥，劝说魔法少女们采用更稳妥的方式保存自己的灵魂宝石，但由于魔法少女使用悲叹之种净化灵魂宝石的污染时必须将灵魂宝石拿在手中的关系，她将灵魂宝石藏在身体内部的提议并没有被魔法少女们采纳。
晓美焰单独约见了林真希，袒露自己时间操纵者的身份，并质问林真希为什么没有出现在以前的时间线。
林真希听不懂晓美焰在说什么，而晓美焰却认为林真希是和自己一样的时间操纵者，直接暂停了时间，准备对林真希动手。
因为魔力属性的关系，时间暂停对林真希的效果大打折扣，并在林真希激活魔力之后完全失效。晓美焰被林真希制服，认定林真希也是时间操纵者并且比自己更加强大，于是完全放弃了抵抗。
林真希从晓美焰的口中得知魔女之夜即将降临的消息，由于担心魔女之夜摧毁见泷原时将自己的委托目标一并杀死，林真希答应晓美焰一起对抗魔女之夜。
魔女之夜还没有到来，魔法少女组合却首先发生了意外，美树沙耶加灵魂宝石遭到彻底污染变身为魔女，被晓美焰消灭。巴麻美通过魔女身上的特征发现了魔法少女会成为魔女并死去的真相，精神崩溃向佐仓杏子发动了攻击，并在继续试图攻击晓美焰时被鹿目圆杀死。
见泷原所属的五位魔法少女转眼就剩下了两个，林真希虽然瞠目结舌却也无奈的接受了现实。为了应对接下来即将到来的魔女之夜，林真希提议召集其他城市的魔法少女，但晓美焰表示这个方案她曾经试过但无效。作为替代方案，晓美焰决定盗取核弹对魔女之夜进行轰炸，同样遭到担心见泷原遭受波及的林真希否决。
此时本已消失多日的丘比突然出现，提议林真希也成为魔法少女，并坦言林真希作为魔法少女的资质无比强大，拥有战胜魔女之夜的可能。因为已经得知了魔法少女的真相，林真希毫不犹豫的拒绝了丘比的提议。
晓美焰决定在海上狙击魔女之夜，因作战地点远离见泷原，林真希放弃反对意见并帮助晓美焰盗取了数枚核弹。因为魔法的掩护，核弹的失窃并没有在世界上引起太大的动荡。
决战之日最终来临，化身风暴的魔女之夜逐渐靠近见泷原，林真希与其他两位魔法少女在见泷原外海域建立魔法阵地，对魔女之夜进行狙击。伴随着几枚核弹头的爆炸，魔女之夜自天空陨落，沉入大海。然而就在大家庆祝成功的时候，魔女之夜再一次从海中升起，并且颠倒的人偶移动至上部。
魔女之夜开始以暴风一般的速度向着三人冲刺，三人的反击完全无法阻拦魔女之夜的冲锋，不得不通过晓美焰的时间暂停暂避其峰，而魔女之夜则在加速朝着见泷原冲去。
正在三人商量对策时，丘比突然现身，透露魔女之夜完全免疫非神秘攻击，对神秘系攻击也有极高减免的信息，并再一次诱惑林真希成为魔法少女，因太过聒噪而被林真希杀死数次。
魔女之夜掀起的风暴毁灭了见泷原，鹿目圆陷入崩溃，灵魂宝石遭到污染化身巨型魔女，如同无数的根连缀而成的树一般屹立于星球之上。鹿目圆化身的魔女力量完全碾压魔女之夜，轻松将魔女之夜吸收，并继续开始吸收整个地球的生命。
林真希只好使用魔女之书，借用帕秋莉老师的力量，化身“避世的七曜贤者”。利用书页的力量，林真希成功将鹿目圆所花的魔女封印，但因自身魔力不足，她也陷入了油尽灯枯的绝境，陷入昏迷，失去了抵抗晓美焰的时间操纵的能力。
晓美焰意识到本次轮回再一次失败，发动了时间回溯。因为这一次时间回溯的时间早于林真希的委托目标穿越过来的时间，穿越者被弹出这个世界，林真希的委托任务被动完成，而林真希也因为时间回溯的原因，记忆消失，离开了这个世界，只剩下了魔女之书上留下的两张职业模板。